Die römischen Bäder von Aptera sind noch nicht vollständig erforscht. Ihre Größe lässt auf eine Zunahme der Bevölkerung der Stadt, Wohlstand und einen hohen Lebensstandard schließen. Das teilweise ausgegrabene, in einem fortgeschritteneren Stadium befindliche „Bad I“ (nördlich der dreischiffigen Zisterne) ist ein Beispiel für die Blütezeit der Stadt, als zahlreiche öffentliche Bauwerke errichtet wurden. Die gegenseitige Abhängigkeit der Zisternen und der beiden Badekomplexe weist darauf hin, dass sie gleichzeitig entworfen wurden.

Aufgrund der mehrfachen Wiederverwendung des Geländes nach der Römerzeit und auch der Tatsache, dass es nicht vollständig ausgegraben wurde, ist das Bild, das das östliche Bad (Bad I) bietet, verwirrend. Dennoch können einige sichere Schlussfolgerungen hinsichtlich der Organisation und Nutzung des Geländes gezogen werden. Auf dieser Grundlage kann Bad I mit einiger Sicherheit in zwei Teile unterteilt werden: die Ostseite, bestehend aus drei Räumen mit Hypokausten (A, B und E), und die Westseite, bestehend aus zwei Räumen mit Badewannen (H, I), einem gewölbten Raum (IΔ), einem Korridor (K) und drei Räumen im Norden, die noch nicht vollständig ausgegraben wurden (IA, IB und IΓ). Die beiden Zonen sind durch drei Korridore (ΣΤ und ΙΕ, ΚΓ) getrennt, in denen sich wahrscheinlich Nebenräume und Praefurnia (die Öfen zum Heizen der Hypokausten) befanden. Südlich der Korridore befindet sich ein kleiner gewölbter Raum (KA), der nicht ausgegraben wurde. Wir können jedoch davon ausgehen, dass er wie die anderen drei Räume Teil der heißen Zone ist, da die Hohlräume im Bruchsteinmauerwerk für die Wandheizungsrohre (tubuli oder tegulae mamatae) sowie der Kaminkanal sichtbar sind.

Nördlich des Korridors befindet sich ein fast quadratischer Raum mit Kieselboden (Δ), der stellenweise mit Marmor verkleidet ist. Sein Zweck ist unbekannt, aber laut den Ausgräbern war es kein beheizter Raum. Er ist mit Raum A über eine Doppeltür verbunden, um den Wärmeverlust zu minimieren. Er hatte ein mit Ziegeln gedecktes Satteldach, wie wir an den Ziegeln in der Zerstörungsschicht und der Spur des Dachs an der Wand von Raum A sehen. Er könnte als Vorraum gedient haben.

Raum A wurde vollständig ausgegraben. Der Innenraum misst 4,50 x 5,00 m, ohne die Nischen. Das Hypokausten-Heizsystem wurde freigelegt, wobei der Doppelboden auf kleinen Ziegelpfeilern ruht.

Auf einem Teil eines beschrifteten Querbalkens, vermutlich vom Haupteingang des Bades, der mit der dreischiffigen Zisterne verbunden ist, ist der Name eines Atheners vermerkt, vermutlich des Mäzens, der den Bau des Gebäudes finanzierte:

Οὐάρειος Λούκιος Λαμπάδις Ἀθ [ην]α[ῖο]ς το βαλ[α]νεῖον [ἐπο]ίε[ι]

Varius Lucius Lampadis, der Athener, baute die Bäder.

Die Inschrift wird auf die erste Hälfte des 1. oder das frühe 2. Jahrhundert n. Chr. datiert.

Das westliche Bad („Bad II“), das vermutlich ebenfalls ein öffentliches Gebäude war, enthielt acht gewölbte Räume. Die Ausgrabungen sind noch nicht weit genug fortgeschritten, um weitere Informationen zu liefern. Sie haben jedoch den Hypokaustenraum, einen gewölbten Raum mit zwei Badewannen, das Praefurnium, Kaminschächte und andere Details freigelegt. Dieses Bad wurde mit Wasser aus der L-förmigen Zisterne versorgt, was die Bedeutung dieser Gebäude für die Planung der römischen Stadt zeigt.

Die umfangreichen Zerstörungen der Bäder durch ein starkes Erdbeben sind deutlich sichtbar, insbesondere in den Räumen des Bads I. Aus den uns zur Verfügung stehenden Informationen wissen wir, dass nach der ersten Zerstörung des Gebäudes um 365 n. Chr. einige der Räume grob verändert und wiederverwendet wurden. Obwohl sie nicht im gleichen Maße erhalten geblieben sind, können die beiden Bäder hinsichtlich der von ihnen bereitgestellten Informationen und der Rekonstruktionsmöglichkeiten als eine Einheit betrachtet werden. Die Wände des Bads II sind in besserem Zustand erhalten, während Bad I (im Osten) schlechter erhalten ist, aber einen klareren Grundriss aufweist, der mehr Hypothesen über seine Innenaufteilung zulässt.

Badehauskomplexe waren auf Kreta keineswegs selten. Bäder aus ähnlicher Zeit wie die von Aptera finden sich in Gortyn, Eleutherna, Myrtos, Makrygialos und Koufonisi.