Τα ρωμαϊκά λουτρά της Απτέρας έχουν μελετηθεί μέχρι σήμερα αποσπασματικά. Το μέγεθος τους υποδηλώνει μια αύξηση του πληθυσμού της πόλης, ευμάρεια και υψηλό επίπεδο διαβίωσης. Εν μέρει ανασκαμμένο, σε πιο προχωρημένο στάδιο το “Βαλανείο Ι” (βόρεια της τρίκλιτης δεξαμενής), αποτελούν δείγμα της ακμαίας περιόδου της πόλης, οπότε και η δραστηριότητα που συνδεόταν με τα δημόσια έργα ήταν αυξημένη. Η αλληλεξάρτηση των δεξαμενών με τα δύο λουτρικά συγκροτήματα παραπέμπει σε κοινό σχεδιασμό τους.

Λόγω πολλαπλών στρωμάτων επαναχρησιμοποίησης του χώρου μετά τους ρωμαϊκούς χώρους αλλά και λόγω της αποσπασματικότητας της ανασκαφής, η εικόνα που απέδωσε το ανατολικό λουτρό (“Βαλανείο Ι”) στους ανασκαφείς ήταν συγκεχυμένη. Παρόλα αυτά, κάποια ασφαλή συμπεράσματα για την οργάνωση και χρήση του χώρου μπόρεσαν να εξαχθούν. Με βάση αυτά, το Βαλανείο Ι χωρίζεται, θα μπορούσαμε να πούμε με κάποια βεβαιότητα, σε δύο πλευρές: την ανατολική, που αποτελείται από τρεις χώρους με υπόκαυστα (Α, Β και Ε) και τη δυτική, που αποτελείται από δύο χώρους με λουτήρες (Η, Ι), μια αψιδωτή αίθουσα (ΙΔ), ένα διάδρομο (Κ) και τρεις χώρους βόρεια που δεν έχουν πλήρως ανασκαφεί (ΙΑ, ΙΒ και ΙΓ). Οι δύο ζώνες χωρίζονται από ισάριθμους διαδρόμους (ΣΤ και ΙΕ, ΚΓ), όπου πιθανότατα έχουμε βοηθητικούς χώρους και τα praefurnia (οι φούρνοι που χρησίμευαν στη θέρμανση των υποκαύστων). Νότια των διαδρόμων υπάρχει μια μικρή αψιδωτή αίθουσα (ΚΑ) που δεν έχει ανασκαφεί. Μπορούμε όμως να υποθέσουμε ότι εντάσσεται στη θερμή ζώνη, προστιθέμενη στις άλλες τρεις, αφού διακρίνονται τόσο οι κοιλότητες στη αργολιθοδομή στήριξης των tubuliήtegulaeMamatae) για τη θέρμανση των τοίχων, όσο και ο αγωγός-καπνοδόχος.

Βόρεια του διαδρόμου υπάρχει ένας σχεδόν τετράγωνος χώρος (Δ) με βοτσαλωτό δάπεδο, που κατά τμήματα έχει επικαλυφθεί με μάρμαρο. Δε γνωρίζουμε σε τι εξυπηρετούσε ο χώρος αυτός, αλλά, κατά την εκτίμηση των ανασκαφέων, δεν είναι θερμός. Επικοινωνεί με το χώρο Α διαμέσου διπλής πόρτας, για τον περιορισμό απωλειών θερμότητας. Ήταν στεγασμένος με μονόρριχτη κεραμοσκεπή στέγη, κάτι που προκύπτει από το στρώμα καταστροφής με κεραμίδες, αλλά και το ίχνος στήριξης της στέγης στον τοίχο του δωματίου Α. Πιθανόν να χρησίμευε ως προθάλαμος.

Ο χώρος Α ανασκάφηκε πλήρως, έχει εσωτερικές διαστάσεις 4.50 x 5.00 μ., χωρίς τις κόγχες. Αποκαλύφθηκε το υπόκαυστο σύστημα θέρμανσης, όπου το υπερυψωμένο δάπεδο στηρίζεται σε πλίνθινους κιονίσκους.

Τμήμα από ενεπίγραφο ανώφλι, πιθανότατα από την κεντρική είσοδο του λουτρού που συνδεόταν με την τρίκλιτη δεξαμενή, αναφέρει το όνομα ενός Αθηναίου, πιθανότατα του χορηγού που χρηματοδότησε την κατασκευή του κτιρίου:

ΟὐάρειοςΛούκιοςΛαμπάδιςἈθ- [ην]α[ῖο]ς το βαλ[α]νεῖον [ἐπο]ίε[ι].

Η επιγραφή χρονολογείται στο πρώτο μισό του 1ου αιώνα ή τον πρώιμο 2ο αιώνα μ.Χ.

Στο δυτικό λουτρό (“Βαλανείο ΙΙ”), που επίσης πρέπει να είχε δημόσια λειτουργία, διακρίνουμε οκτώ (8) θολωτούς χώρους. Δε διαθέτουμε αρκετά άλλα στοιχεία, καθώς η ανασκαφική έρευνα δεν έχει προχωρήσει ακόμα. Έχει όμως εντοπιστεί το υπόκαυστο σύστημα ενός χώρου, μια αψιδωτή αίθουσα με δύο λουτήρες, το praefurnium, καπνοδόχοι -αγωγοί κ.α. Το λουτρό αυτό εξαρτάται από τη δεξαμενή με κάτοψη σε σχήμα Γ, δηλώνοντας έτσι τη σημασία των κτιρίων αυτών στο σχεδιασμό της πόλης της ρωμαϊκής περιόδου.

Η εκτεταμένη καταστροφή των λουτρών από ισχυρό σεισμό είναι εύκολα ορατή, ιδιαίτερα σε ορισμένους από τους χώρους του “Βαλανείου Ι”. Τα μέχρι τώρα στοιχεία δείχνουν ότι, μετά την πρώτη καταστροφή του κτιρίου, γύρω στο 365 μ.Χ, χρησιμοποιήθηκαν ορισμένοι από τους χώρους με αρκετές πρόχειρες διευθετήσεις.Η διατήρηση τους λοιπόν δεν είναι ομοιόμορφη, αλλά τα δύο λουτρά θα μπορούσαν να ιδωθούν ως ένα σύνολο, σχετικά με τις πληροφορίες που μας δίνουν αλλά και τις δυνατότητες αναπαράστασης. Το “Βαλανείο ΙΙ” σώζεται σε καλύτερη κατάσταση, αναφορικά με τα ύψη του. Αντιστρόφως, το “Βαλανείο Ι” (ανατολικά), που βρίσκεται βόρεια της τρίκλιτης δεξαμενής, σώζεται σε χειρότερη κατάσταση αναφορικά με τα ύψη του, αλλά διατηρεί μια σαφώς πιο διακριτή εικόνα στην κάτοψη του, επιτρέποντας περισσότερες εικασίες για την εσωτερική του διαρρύθμιση.

Στη ρωμαϊκή Κρήτη η κατασκευή λουτρικών συγκροτημάτων δεν ήταν σπάνια. Σύγχρονα λουτρά με αυτά της Απτέρας εντοπίζονται στη Γόρτυνα, την Ελεύθερνα, το Μύρτο, το Μακρύγιαλο και το Κουφονήσι.