Ο μικρός δίχωρος ναός του 5ου αι. π.Χ. αποτελεί ένα από τα πρώτα σημαντικά μνημεία της πόλης. Σώζεται σε μικρό ύψος, με εξωτερικές διαστάσεις: 6,32μ μήκος, 3,96μ βάθος.Ο κάθε χώρος έχει εσωτερικές διαστάσεις: 2,26 πλάτος και 3μ βάθος για κάθε χώρο. Είναι κατασκευασμένος επιμελώς, με ισοδομικό σύστημα, με λαξευμένες ορθογώνιες πλίνθους ίσων διαστάσεων, που συνδέονταν κατά μήκος με σιδηρούς «πελεκίνους», (συνδέσμους σε σχήμα διπλού πελέκεως) και καθ’ ύψος με σιδερένιους γόμφους. Οι είσοδοι του βρίσκονταν στα Α και το κτήριο οριζόταν από αυτή την πλευρά από περίβολο και από απλό, μικρό βωμό στη γωνία.

Η ανασκαφή του από τους Γερμανούς το 1942, απέδωσε λιγοστή κεραμική και τμήματα της ανωδομής, καθώς κατά τους βυζαντινούς χρόνους το κτήριο χρησιμοποιήθηκε ως χώρος ταφής. Φαίνεται, ότι ιδρύθηκε σε χώρο προγενέστερης λατρείας, που ξεκινούσε τουλάχιστον από τα γεωμετρικά χρόνια και ότι ο χώρος γύρω του χρησιμοποιήθηκε από τον 8ο αιώνα π.Χ. μέχρι τους βυζαντινούς χρόνους.

Λιθόστρωτος δρόμος με κατεύθυνση προς Ν, προς το θέατρο παρεμβάλλεται στα Α μεταξύ του ναού και ενός επιμήκους ισχυρού κρηπιδώματος με άξονα Α-Δ.Πρόκειται για δημόσιο οικοδόμημα, πιθανόν στοά, που ίσως σχετίζεται με το τέμενος της Αρτέμιδος προστάτιδας της πόλης, που ήκμασε στους ελληνιστικούς χρόνους. Η ένταξή του μικρού διμερούς ιερού αυτό το μεγαλύτερο λατρευτικό τέμενος δηλώνεται από την χωροθέτηση των εισόδων του προς Α, σε συνδυασμό με την αποκάλυψη της στοάς προς αυτή την πλευρά και με τις μαρτυρίες παλαιότερων περιηγητών που τοποθετούν σε αυτή την περιοχή τον χαμένο σήμερα «Τοίχο των Επιγραφών». Σε αυτόν είχαν αναρτηθεί τα ψηφίσματα της βουλής και του δήμου των Απτεραίων. Η ανάρτησή τέτοιων κειμένων γινόταν πάντα στο κύριο τέμενος της πόλης, ώστε αυτά να είναι ορατά και αναγνώσιμα από όλους.

Το διμερές ιερό της Απτέρας ανήκει σε μια κατηγορία με βαρύνουσα σημασία για την ανάπτυξη της αρχαίας ελληνικής ναοδομίας, με καταβολές στους αρχαϊκούς, ή ίσως και σε παλαιότερους χρόνους. Η διμερής του διάταξη τεκμηριώνει μάλλον τη θρησκευτική λειτουργία του κτίσματος και απομακρύνει την πιθανότητα άλλων χρήσεων (π.χ. θησαυρός). Πιθανόν, συλλατρεύονταν εδώ, κατά τους κλασικούς χρόνους, η Άρτεμις και ο Απόλλων. Διμερή λατρευτικά κτίρια που μπορούν να εκληφθούν ως παράλληλα με το ναό της Απτέρας εντοπίζονται σε όλον τον ελλαδικό χώρο. Το μόνο κρητικό παράλληλο, ο ναός του Άρη και Αφροδίτης, που βρίσκεται στα Λενικά (Ελληνικά) Λασιθίου, είναι μεταγενέστερο και μεγαλύτερο σε μέγεθος.

Η συνέχεια της έρευνας σε αυτό το σημείο της αρχαίας πόλης, στη Β, Ν και ΝΔ πλευρά του “διμερούς ιερού” ιερού, θα μπορούσε πιθανότατα να αποκαλύψει νέα στοιχεία για τη μορφή του και για τη σχέση με τα κτίρια γύρω του.