Το μεγάλο ισόπεδο της πόλης δε φαίνεται να διέθετε πηγές νερού. Για το σκοπό αυτό είχαν κατασκευαστεί μεγάλες δεξαμενές ήδη από την ελληνιστική περίοδο. Οι δεξαμενές, μια τρίκλιτη και μία σε σχήμα Γ, είναι λαξευμένες στο βράχο και καμαροσκεπείς, κτιστές στο υπέργειο τμήμα τους. Εξωτερικά αντιστηρίζονται από αντηρίδες, ώστε να αποφορτίζεται η πίεση του νερού. Καλύπτονταν από καμάρες, κατασκευασμένους από πλίνθους, οι οποίες κατέρρευσαν κατά τη διάρκεια της αρχαιότητας. Οι διατηρούμενες σήμερα λίθινες καμάρες της τρίκλιτης δεξαμενής κατασκευάστηκαν πολύ αργότερα, σε κάποια περίοδο λειτουργίας του μοναστηριακού μετοχιού. Οι δεξαμενές συνδέονται λειτουργικά με τα μεγάλα λουτρικά συγκροτήματα που βρίσκονταν χαμηλότερα σε κοντινή απόσταση στα βόρειά τους, ενώ συγχρόνως εξυπηρετούσαν μαζί με τις οικιακές στέρνες αυξημένες ανάγκες ύδρευσης της πόλης στα ρωμαϊκά χρόνια. Εντυπωσιακές για το μέγεθος, τη χωρητικότητα, την κατασκευή και τη διατήρησή τους, οι δεξαμενές αποτελούν ένα από τα μεγάλα δημόσια έργα της ρωμαϊκής περιόδου και από πλευράς μεγέθους, τα εντυπωσιακότερα μνημεία της Απτέρας.

Η ορθογώνια, τρίκλιτη δεξαμενή βρίσκεται νότια του ρωμαϊκού λουτρού του, το οποίο και τροφοδοτούσε. Η ισχυρή πεσσοστοιχία της φαίνεται να αποτελεί την προγενέστερη, ελληνιστική φάση της. Έχει εσωτερικές διαστάσεις 17 x 25 μ. και χωρητικότητα 2900μ3.Η δεξαμενή με κάτοψη σε σχήμα Γ έχει μήκος μεγάλου σκέλους 55,80 μ. και μικρού 34,20 μ., πλάτος 9 μ. και χωρητικότητα 3050μ3 νερού. Κατά τις εργασίες καθαρισμού και στερέωσης εντοπίστηκε φρεάτιο καθίζησης και κλειστός αγωγός εξόδου μικρής διατομής, με πιθανό σύστημα καθαρισμού.

Η τοιχοποιία των δεξαμενών είναι η λεγόμενη opuscaementicium, μια διαδεδομένη μέθοδος κατασκευής από τα μέσα του 1ου αιώνα (150 π.Χ.) και εξής, με ορίζοντα ανάπτυξης της κατασκευής τους ένα αιώνα πριν. Τα τοιχώματά τους καλύπτονταν με αδιαπέραστο από το νερό υδραυλικό κονίαμα. Η καμάρα της δεξαμενής σε σχήμα Γ, που δε διατηρείται, πρέπει να ήταν κατασκευασμένη με ολόκληρες πλίνθους, όπως φαίνεται από τα σημεία γένεσής του.Οι διατηρούμενες καμάρες της τρίκλιτης αποτελούνται από ημίεργες πέτρες, δηλώνοντας,ίσως,ότι και στην αρχική ελληνιστική φάση κατασκευής τους, ήταν φτιαγμένες με παρόμοιο τρόπο.

Η χωροθέτηση των δεξαμενών ήταν ανεξάρτητη, μη εντεταγμένη σε κτιριακά συγκροτήματα, σπίτια ή βίλες, αλλά εξυπηρετούσαν τις δημόσιες ανάγκες. Δεν είναι αβάσιμο να ισχυριστούμε ότι οι δεξαμενές τροφοδοτούνταν από τα όμβρια ύδατα, αφού η οροφή τους βρίσκεται στο επίπεδο του δαπέδου πολλών δημοσίων κτιρίων. Δεν έχουν εντοπιστεί άλλωστε ίχνη υδραγωγείου στην ευρύτερη περιοχή, οι δε κοντινότερες πηγές, του Στύλου και του Καλαμιού, βρίσκονται σε χαμηλότερη στάθμη, τουλάχιστον κατά 150μ. Αυτό ενισχύει την υπόθεση ότι υπήρχαν δεξαμενές τροφοδοσίας της πόλης ήδη από την ελληνιστική περίοδο. Διακρίνονται μάλιστα επιφανειακοί αγωγοί εισροής νερού, που συνδέονταν με μικρότερες δεξαμενές, ενώ μια ορθογώνια μικρή δεξαμενή της ελληνιστικής περιόδου βρίσκεται ανάμεσα στη δεξαμενή σε σχήμα Γ και στο λουτρό βορείως αυτής. Η αλληλεξάρτηση των δεξαμενών με τα δύο λουτρικά συγκροτήματα παραπέμπει σε κοινό σχεδιασμό τους, ώστε να εξασφαλίζεται στα λουτρά η μεγάλη ποσότητα νερού που ήταν αναγκαία για την καθημερινή τους λειτουργία. Ανάλογες δεξαμενές, εντοπίζονται δυτικά στο Δικτύνναιο ιερό στο ακρωτήριο Σπάθα και ανατολικά στη. Επίσης, παράλληλα τους υπάρχουν στη Νάπολη στην Ιταλία καθώς και στη Βόρεια Αφρική.