Δυτικά του αρχαίου θεάτρου ανασκάπτεται μεγάλη ρωμαϊκή, αστική οικία, η ανέγερση της οποίας προσδιορίζεται στον 1ο αιώνα μ.Χ., πιθανότατα μετά τον καταστρεπτικό σεισμό του 66 μ.Χ. Η χρήση της ως κατοικίας συνεχίζεται, με ποικίλες μετασκευές, ευδιάκριτες κατά τόπους στην τοιχοδομία της, έως το 365 μ.Χ. οπότε καταστρέφεται από τον γνωστό καταστροφικό σεισμό. Κατά τους επόμενους αιώνες (5ο − 7ο αιώνα μ.Χ.) η χρήση του χώρου ήταν περιορισμένη.

Με βασικό κύτταρο την αυλή και το ελληνικής καταγωγής περιστύλιο, η οικία, με άξονα Ν-Β, απλώνεται σε μεγάλη έκταση (765 τ.μ. η μέχρι σήμερα ανασκαμμένη έκταση). Η είσοδός της γινόταν μέσω ενός πρόπυλου από δημόσια λιθόστρωτη οδό, η οποία εντοπίστηκε στα νότια και έχει κατεύθυνση Α−Δ. Πιθανώς αποτελεί συνέχεια του δρόμου της δυτικής παρόδου του θεάτρου. Η είσοδος διέθετε διπλή θύρα που οδηγούσε στο πρόπυλο με το οικιακό ιερό (lararium). Μέσα στο στρώμα καταστροφής του 365 μ.Χ. βρέθηκε το σπουδαίο σύνταγμα των γλυπτών της Άρτεμης και του Απόλλωνα, των προστατών θεών της πόλης, από χαλκό και μάρμαρο αντίστοιχα, τοποθετημένα σε ενιαία λίθινη βάση.

Το αίθριο δεν έχει τα τυπικά χαρακτηριστικά του ρωμαϊκού αιθρίου, καθώς αντί του impluvium (δεξαμενή στο δάπεδο της αυλής για τη συλλογή του βρόχινου νερού από άνοιγμα της στέγης), φαίνεται πως τα νερά συλλέγονταν απευθείας σε μεγάλη στέρνα σε χώρο νοτιότερα, το στόμιο της οποίας είναι ενσωματωμένο στον δυτικό τοίχο του. Δίπλα στην στέρνα διατηρείται λίθινη βάση για την στήριξη περιρραντηρίου ενώ από τον πυθμένα της ανασύρθηκε ακέραιος πήλινος κάδος που χρονολογείται στο τέλος του 3ου – αρχή 4ου αι. μ.Χ. Στον ίδιο χώρο βρίσκεται λίθινος τραπητής (trapetum) ελαιοπιεστηρίου, που μάλλον είχε μετακινηθεί από την αρχική του θέση καθώς και λίθινο ιγδίο, τα οποία δηλώνουν ότι τουλάχιστον στην τελική φάση λειτουργίας της οικίας, ο χώρος εξυπηρετούσε καθημερινές ανάγκες.

Το αίθριο, που θα λειτουργούσε ως φωταγωγός και αεραγωγός για την οικία, πλαισιώνεται από το ελληνικής καταγωγής περιστύλιο με στυλοβάτη και 5X7 κίονες με ιωνικές βάσεις και δωρικά κιονόκρανα. Οι περισσότεροι σπόνδυλοι και ορισμένα από τα κιονόκρανα βρίσκονται πεσμένοι στο εσωτερικό της αυλής, με τρόπο που δηλώνει την καταστροφή από σεισμό. Οι περίστυλες αυλές γενικά ήταν κήποι (viridarium) και το ίδιο μπορεί να διατυπωθεί για την αυλή της οικίας της Απτέρας καθώς κατά τη διάρκεια της ανασκαφής βρέθηκαν μικρού μεγέθους διακοσμητικά γλυπτά και βάση μαρμάρινου τραπεζιού. Η κεραμοσκεπής στοά που περιβάλλει το περιστύλιο θα ήταν τοιχογραφημένη με πλούσιο χρωματικό διάκοσμο.

Δυτικά του αιθρίου αναπτύσσονται οι χώροι ύπνου (cubicula), κατά τα συνήθη πρότυπα των αστικών οικιών, ενώ ο χώρος δυτικά της στέρνας, που επικοινωνεί με το περιστύλιο, θα μπορούσε να αποδοθεί σε χώρο φαγητού ή υποδοχής.

Παραλλαγές, ακόμα πιο σύνθετες, του τύπου της αστικής οικίας (domus) της Απτέρας απαντώνται στην Πομπηία και σε άλλες πόλεις της Κρήτη, για παράδειγμα στην Κίσαμο, την Ελεύθερνα και την Κνωσό. Αυτές οι οικίες με την προσθήκη του περιστυλίου, ακολουθούν τα βασικά αρχιτεκτονικά πρότυπα των οικιών της ελληνιστικής περιόδου.