Νεότεροι περιηγητές όπως ο Buodelmonti (1415), o Basilicata (1630), Tournefort (1700), επισκέφτηκαν τον λόφο της Απτέρας και κατέγραψαν τις εντυπώσεις τους. Πρώτος ο Pashley το 1834 ταύτισε σωστά τον συγκεκριμένο χώρο με την αρχαία πόλη.

Οι πρώτες ανασκαφές στην περιοχή, κατά τις οποίες ήρθε στο φως ο λεγόμενος «τοίχος των επιγραφών», ευμεγέθης δομή με τιμητικές και προξενικές επιγραφές του 3ου και 2ου αι. π.Χ., έγιναν το 1862 και 1864 από τη Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή. Το 1942 οι γερμανικές δυνάμεις κατοχής, ανέσκαψαν το μικρό δίχωρο ναό.

Το 1958 ξεκινούν ανασκαφές από την Αρχαιολογική Υπηρεσία, τις οποίες συνεχίζει αργότερα η ΚΕ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων με σωστικό κυρίως χαρακτήρα. Από τα έτη 1985 – 1987 ξεκινούν συστηματικές έρευνες στον κεντρικό πυρήνα της πόλης, οι οποίες συνεχίζονται έως σήμερα. Παράλληλα διενεργούνται συνεχώς σωστικές ανασκαφές στις περιοχές γύρω από τον κηρυγμένο χώρο.

Η έρευνα, προστασία και ανάδειξη του αρχαιολογικού χώρου ενισχύθηκε ιδιαίτερα από τα Περιφερειακά Ευρωπαϊκά Προγράμματα, στα οποία η Άπτερα εντάσσεται ήδη από το 1999 – 2000 (Β΄ ΚΠΣ), οπότε διενεργούνται εκτεταμένες στηρίξεις και σωστικές παρεμβάσεις στην τοιχοποιία των δεξαμενών και των λουτρών. Μεταξύ 2003 – 2006, αναδείχθηκε η οχύρωση, το 2010 – 2012 (ΕΣΠΑ), η κύρια είσοδος της πόλης ενώ την περίοδο 2008 – 2015 (ΕΣΠΑ) ανασκάφθηκε και αποκαταστάθηκε το αρχαίο θέατρο. Οι συστηματικές ανασκαφές συνεχίζονται στην αστική ρωμαϊκή οικία και στον καλούμενο ναό του «Διονύσου» με ετήσιες χρηματοδοτήσεις της Περιφέρειας Κρήτης.