Enquête sur le site
Les premiers voyageurs modernes, tels que Buondelmonti (1415), Basilicata (1630) et Tournefort (1700), ont visité la colline d’Aptera et consigné leurs impressions. En 1834, Pashley a été le premier à identifier correctement le site comme étant celui de la ville antique.
En 1862 et 1864, l’École française d’archéologie d’Athènes a mené les premières fouilles à Aptera, qui ont permis de mettre au jour le « mur des inscriptions », une grande structure comportant des inscriptions honorifiques et proxémiques des IIIe et IIe siècles av. J.-C. En 1942, les forces d’occupation allemandes ont fouillé le petit temple à deux salles.
Le Service archéologique a commencé des fouilles (essentiellement de sauvetage) en 1958, poursuivies ensuite par la 23e Éphorie des Antiquités Préhistoriques et Classiques. Les fouilles systématiques dans le centre-ville ont commencé en 1985-1987 et se poursuivent encore aujourd’hui. Des fouilles de sauvetage se poursuivent également dans les zones entourant le site archéologique.
L’enquête, la protection et la promotion du site archéologique ont grandement bénéficié du financement des programmes européens régionaux. D’importantes initiatives de conservation et de sauvetage de la maçonnerie des citernes et des bains ont été réalisées en 1999-2000 (deuxième cadre communautaire de soutien), suivies par la conservation des fortifications en 2003-2006 (troisième cadre communautaire de soutien) et de la porte principale en 2010-2012 (cadre de référence stratégique national). Le théâtre antique a été fouillé et restauré en 200- 2015 (cadre de référence stratégique national). Des fouilles systématiques se poursuivent dans la maison romaine et le « temple de Dionysos », avec un financement annuel fourni par la région de Crète.