Le vaste plateau de la ville ne semble pas avoir eu de sources, ce qui a conduit à la construction de grandes citernes dès la période hellénistique. Les citernes voûtées, taillées dans la roche, l’une à trois nefs et l’autre en forme de L, ont une partie supérieure bâtie. Elles sont renforcées par des contreforts extérieurs pour contrer la pression de l’eau. Elles étaient à l’origine couvertes de voûtes en briques, qui se sont effondrées dans l’Antiquité. Les voûtes en pierre conservées de la citerne à trois nefs sont beaucoup plus récentes, et contemporaines du monastère médiéval.

Les citernes alimentaient les grands complexes de bains situés plus bas sur la pente nord, tout en répondant, avec les citernes domestiques, aux besoins accrus en eau de la ville à l’époque romaine. Impressionnantes par leur taille, leur capacité, leur construction et leur conservation, les citernes font partie des grands travaux publics de l’époque romaine et constituent les monuments les plus grands et les plus imposants d’Aptera.

La citerne rectangulaire à trois nefs se trouve au sud du bain romain qu’elle alimentait. Sa rangée de solides piliers semble appartenir à la phase hellénistique antérieure. L’intérieur mesure 17 x 25 m, avec une capacité de 2 900 m³. Le bras long de la citerne en forme de L mesure 55,80 m et le bras court 34,20 m, avec une largeur totale de 9 m et une capacité de 3 050 m³. Lors des travaux de nettoyage et de consolidation, un puits de sédimentation et un tuyau de sortie fermé au diamètre étroit, avec ce qui pourrait être un système de nettoyage, ont été identifiés.

Les citernes sont en opus caementicium (béton romain), une méthode de construction très répandue à partir du milieu du Ier siècle (150 av. J.-C.), bien que les citernes aient été construites un siècle plus tôt. Leurs murs ont été enduits d’un mortier hydraulique imperméable. La voûte de la citerne en forme de L, aujourd’hui perdue, aurait été construite en briques entières, comme en témoignent ses sommiers. Les voûtes conservées de la citerne à trois nefs sont faites de pierres grossièrement taillées, ce qui indique peut-être qu’elles étaient construites de la même manière dans leur phase hellénistique d’origine.

Les citernes étaient autonomes et non intégrées à des immeubles, des maisons ou des villas, et répondaient à des besoins publics. Il se peut qu’elles aient recueilli l’eau de pluie, car leurs toits se trouvent au même niveau que le sol de nombreux bâtiments publics. Aucune trace d’aqueduc n’a été trouvée dans les environs, alors que les sources les plus proches, à Stýlos et Kalámi, se trouvent au moins 150 m plus bas, ce qui confirme l’hypothèse selon laquelle la ville était alimentée par des citernes dès l’époque hellénistique. Des conduites de surface sont également visibles ; elles étaient reliées à des citernes plus petites.

Une petite citerne rectangulaire hellénistique se trouve entre la citerne en forme de L et le bain au nord. L’interdépendance des citernes et des deux complexes de bains indique qu’ils ont été conçus conjointement, afin d’assurer l’approvisionnement des bains en grandes quantités d’eau nécessaires à leur fonctionnement quotidien. On trouve des citernes similaires à l’ouest de la ville, dans le sanctuaire de Diktynna, au cap de Spatha. On trouve également des parallèles à Naples en Italie, et en Afrique du Nord.