Ce petit temple à deux salles datant du Ve siècle avant J.-C. est l’un des premiers bâtiments importants de la ville. Il est conservé sur une faible hauteur et son extérieur mesure 6,32 m de long et 3,96 m de profondeur. Chacun des deux espaces intérieurs mesure 2,26 m de large et 3 m de profondeur. Il est soigneusement construit en pierres de taille de taille uniforme, reliées dans le sens de la longueur par des pelekinoi en fer (pinces en forme d’axe double) et dans le sens de la hauteur par des chevilles en fer. Les entrées se trouvaient du côté est, où le bâtiment était délimité par une enceinte, avec un petit autel simple dans l’angle.

Les fouilles menées par les Allemands en 1942 n’ont révélé que de rares poteries et des parties de la superstructure, le bâtiment ayant été utilisé comme lieu de sépulture à l’époque byzantine. Il semble avoir été fondé sur un lieu de culte plus ancien, utilisé depuis au moins l’époque géométrique, tandis que la zone environnante a été utilisée du VIIIe siècle avant J.-C. à la période byzantine.

Une route pavée menant au théâtre par le sud passe à l’est du temple, entre celui-ci et un long et solide mur de soutènement orienté est-ouest. Il s’agit d’un bâtiment public, probablement une stoa, peut-être associée au sanctuaire d’Artémis, la divinité tutélaire de la ville, qui prospérait à l’époque hellénistique. Le fait que ce petit temple à deux salles faisait partie d’un sanctuaire cultuel plus grand est indiqué par l’emplacement des entrées à l’est, en conjonction avec la découverte de la stoa du même côté, et les récits des premiers voyageurs modernes qui placent le « Mur des inscriptions », aujourd’hui perdu, dans cette zone. Le mur comportait les résolutions inscrites de la boulè et du dème des Aptériens. Ces textes étaient toujours placés dans le sanctuaire principal de la ville, afin d’être vus et lus par tous.

Le sanctuaire à deux salles d’Aptera appartient à une catégorie d’une grande importance pour le développement de l’architecture des temples de la Grèce antique, dont les origines remontent à l’époque archaïque ou peut-être même à une époque antérieure. Sa disposition bipartite prouve probablement la nature religieuse de l’édifice, éliminant la possibilité qu’il ait été utilisé à d’autres fins (par exemple un trésor). Artémis et Apollon y étaient probablement vénérés conjointement à l’époque classique. On trouve des édifices cultuels bipartites similaires dans toute la Grèce. Seul parallèle crétois, le temple d’Arès et d’Aphrodite à Lenika (Ellinika) à Lasithi, est plus tardif et plus grand.

Une étude plus approfondie de cette partie de la ville antique, sur les côtés nord, sud et sud-ouest du « temple à deux salles », pourrait bien révéler de nouvelles informations sur sa forme et sa relation avec les bâtiments qui l’entourent.