Une grande maison urbaine romaine fait actuellement l’objet de fouilles à l’ouest du théâtre antique. Elle a été construite au 1er siècle de notre ère, probablement après le tremblement de terre dévastateur de l’an 66. Elle a continué à être occupée comme maison, avec diverses modifications, dont certaines sont visibles par endroits dans la maçonnerie, jusqu’à ce qu’elle soit détruite lors du grand tremblement de terre de 365 après J.-C. Au cours des siècles suivants (Ve-VIIe s. apr. J.-C.), la zone n’a été que partiellement réutilisée.

Organisée autour de la cour et de son péristyle d’origine grecque, la maison s’étend du sud au nord sur une grande surface (la surface actuellement fouillée mesure 765 m²). L’entrée se faisait par un vestibule donnant sur la rue publique pavée au sud de la maison ; orientée est-ouest, il s’agit probablement du prolongement de la rue commençant au parodos ouest du théâtre. Une double porte menait au vestibule où se trouvait le sanctuaire de la maison (lararium). Dans la couche de destruction de 365 après J.-C., on a trouvé un important groupe de statues d’Artémis et d’Apollon, les divinités tutélaires de la ville, en bronze et en marbre respectivement, posées sur une seule base en pierre.

L’atrium ne présente pas les caractéristiques typiques de l’atrium romain. Au lieu d’un impluvium (une citerne sur le sol de la cour destinée à recueillir l’eau de pluie depuis une ouverture dans le toit), il y a une grande citerne dans un espace au sud, dont l’ouverture est incorporée dans le mur ouest. À côté de la citerne se trouve une base de fontaine en pierre, tandis qu’au fond de la citerne a été trouvée, intacte, une jarre à eau en argile datant de la fin du IIIe siècle ou du début du IVe siècle après J.-C. À proximité se trouvaient un lit de pressoir à olives en pierre (trapetum), probablement déplacé de son emplacement d’origine, et un mortier en pierre, ce qui indique que cette partie de la maison était utilisée pour les activités quotidiennes, du moins pendant sa dernière phase d’utilisation.

L’atrium, qui devait apporter lumière et air à la maison, est entouré d’un péristyle d’origine grecque avec un stylobate et 5 x 7 colonnes avec des bases ioniques et des chapiteaux doriques. La plupart des fûts de colonnes et certains chapiteaux sont visibles, tombés à l’intérieur de la cour d’une manière qui indique une destruction par tremblement de terre. Les cours péristyles contenaient généralement des jardins (viridaria), ce qui est également le cas de la maison d’Aptera, puisque les fouilles ont permis de mettre au jour de petites sculptures décoratives et une base de table en marbre. La stoa au toit de tuiles qui entoure le péristyle était décorée de peintures murales colorées.

À l’ouest de l’atrium se trouvent les chambres (cubicula), selon la disposition typique des maisons urbaines, tandis que la salle à l’ouest de la citerne, qui s’ouvre sur le péristyle, pourrait avoir été une salle à manger ou une salle de réception.

Des variations encore plus élaborées de la maison urbaine (domus) d’Aptera se retrouvent dans d’autres villes crétoises, telles que Kissamos, Eléftherna et Knossos, ainsi qu’à Pompéi. Avec l’ajout de la cour péristyle, ces maisons suivent le type architectural de base de la période hellénistique.