Der kleine, zweiräumige Tempel aus dem 5. Jahrhundert v. Chr. ist eines der ältesten bedeutenden Gebäude der Stadt. Er ist nur bis auf eine geringe Höhe erhalten und misst außen 6,32 m in der Länge und 3,96 m in der Tiefe. Jeder der beiden Innenräume ist 2,26 m breit und 3 m tief. Er ist sorgfältig aus behauenen Quadern gleicher Größe gebaut, die der Länge nach mit eisernen Pelekinoi (doppelaxtförmigen Klammern) und vertikal mit eisernen Dübeln verbunden sind. Die Eingänge befanden sich auf der Ostseite, wo das Gebäude durch eine Einfriedung mit einem kleinen, schlichten Altar in der Ecke begrenzt war.

Bei der Ausgrabung durch die Deutschen im Jahr 1942 wurden spärliche Keramik und Teile des Überbaus gefunden, da das Gebäude in byzantinischer Zeit als Begräbnisstätte genutzt wurde. Es scheint, als sei es auf einem früheren Kultplatz errichtet worden, der mindestens seit der geometrischen Zeit genutzt wurde, während das umliegende Gebiet vom 8. Jahrhundert v. Chr. bis in die byzantinische Zeit genutzt wurde.

Eine gepflasterte Straße, die nach Süden zum Theater führt, verläuft östlich des Tempels zwischen diesem und einer langen, stabilen Stützmauer, die von Ost nach West verläuft. Dies ist ein öffentliches Gebäude, wahrscheinlich eine Stoa, die möglicherweise mit dem Heiligtum der Artemis in Verbindung steht, der Schutzgöttin der Stadt, die in der hellenistischen Zeit florierte. Die Tatsache, dass dieser kleine Tempel mit zwei Räumen Teil des größeren Kultheiligtums war, wird durch die Position der Eingänge im Osten in Verbindung mit der Entdeckung der Stoa auf derselben Seite und den Berichten frühneuzeitlicher Reisender belegt, die die heute verlorene „Wand der Inschriften“ in diesem Bereich verorten. Die Wand zeigte die eingeschriebenen Resolutionen der Boule und des Demes der Apteräer. Solche Texte wurden immer im Hauptheiligtum der Stadt aufgestellt, damit sie von allen gesehen und gelesen werden konnten.

Das Zwei-Zimmer-Heiligtum von Aptera gehört zu einer Kategorie von großer Bedeutung für die Entwicklung der antiken griechischen Tempelarchitektur, deren Ursprünge in archaischen oder vielleicht sogar noch früheren Zeiten liegen. Seine zweiteilige Anordnung beweist wahrscheinlich den religiösen Charakter des Gebäudes und schließt die Möglichkeit aus, dass es für andere Zwecke (z. B. als Schatzkammer) genutzt wurde. Artemis und Apollo wurden hier wahrscheinlich während der klassischen Periode gemeinsam verehrt. Ähnliche zweiteilige Kultgebäude findet man in ganz Griechenland. Die einzige kretische Parallele, der Tempel des Ares und der Aphrodite in Lenika (Ellinika) in Lassithi, ist jüngeren Datums und größer.

Weitere Untersuchungen dieses Teils der antiken Stadt an der Nord-, Süd- und Südwestseite des „Zwei-Raum-Tempels“ könnten neue Informationen über seine Form und seine Beziehung zu den ihn umgebenden Gebäuden liefern.