Das große Plateau der Stadt scheint keine Quellen gehabt zu haben, was bereits in der hellenistischen Zeit zum Bau großer Wasserzisternen führte. Die in den Fels gehauenen, gewölbten Zisternen, eine dreischiffig und die andere L-förmig, haben einen ausgebauten oberen Teil. Sie sind mit äußeren Strebepfeilern verstärkt, um dem Wasserdruck entgegenzuwirken. Sie waren ursprünglich mit Ziegelgewölben überdacht, die in der Antike einstürzten. Die erhaltenen Steingewölbe der dreischiffigen Zisterne stammen aus viel späterer Zeit, aus der Zeit des mittelalterlichen Klosters.

Die Zisternen versorgten die großen Badeanlagen, die weiter unten am Hang im Norden lagen, und deckten zusammen mit den häuslichen Zisternen den erhöhten Wasserbedarf der Stadt in der Römerzeit. Die Zisternen waren aufgrund ihrer Größe, Kapazität, Konstruktion und Erhaltung beeindruckend und gehörten zu den großen öffentlichen Bauwerken der Römerzeit, den größten und imposantesten Monumenten von Aptera.

Die rechteckige, dreischiffige Zisterne liegt südlich des römischen Bades, das sie versorgte. Ihre Reihe robuster Pfeiler scheint der früheren hellenistischen Phase anzugehören. Der Innenraum misst 17 x 25 m und hat ein Fassungsvermögen von 2.900 m3. Der lange Arm der L-förmigen Zisterne ist 55,80 m lang und der kurze Arm misst 34,20 m, bei einer Gesamtbreite von 9 m und einem Fassungsvermögen von 3.050 m3. Bei Reinigungs- und Konsolidierungsarbeiten wurden ein Absetzschacht und ein geschlossenes Abflussrohr mit schmalem Durchmesser, möglicherweise mit einem Reinigungssystem, identifiziert.

Die Zisternen bestehen aus opus caementicium (römischer Beton), einer ab der Mitte des 1. Jahrhunderts (150 v. Chr.) weit verbreiteten Bauweise, obwohl die Zisternen ein Jahrhundert früher gebaut wurden. Ihre Wände waren mit wasserdichtem hydraulischem Mörtel beschichtet. Das Gewölbe der L-förmigen Zisterne, das heute verloren ist, wurde wahrscheinlich aus ganzen Ziegeln gebaut, wie wir an seinen Quellen sehen. Die erhaltenen Gewölbe der dreischiffigen Zisterne bestehen aus grob behauenen Steinen, was vielleicht darauf hindeutet, dass sie in ihrer ursprünglichen hellenistischen Phase ähnlich gebaut waren.

Die Zisternen standen frei und waren nicht in Gebäudekomplexe, Häuser oder Villen integriert, und dienten öffentlichen Zwecken. Sie könnten durchaus Regenwasser gesammelt haben, da ihre Dächer auf derselben Höhe wie der Boden vieler öffentlicher Gebäude liegen. In der Umgebung wurden keine Spuren eines Aquädukts gefunden, während die nächstgelegenen Quellen in Stylos und Kalami mindestens 150 m tiefer liegen, was die Hypothese stützt, dass die Stadt bereits in der hellenistischen Zeit durch Zisternen versorgt wurde. Es sind auch oberflächliche Leitungen sichtbar; diese waren mit kleineren Zisternen verbunden.

Eine kleine rechteckige hellenistische Zisterne liegt zwischen der L-förmigen Zisterne und dem Bad im Norden. Die gegenseitige Abhängigkeit der Zisternen und der beiden Badekomplexe deutet darauf hin, dass sie gemeinsam entworfen wurden, um sicherzustellen, dass die Bäder mit den für ihren täglichen Betrieb notwendigen großen Wassermengen versorgt wurden. Ähnliche Zisternen finden sich westlich der Stadt, beim Heiligtum der Diktynna am Kap Spatha. Parallelen finden sich auch in Neapel in Italien und in Nordafrika.