Το θέατρο της Απτέρας, κατασκευάστηκε κοντά στη ΝΑ είσοδο της αρχαίας πόλης από τοπικό απολιθωματοφόρο ασβεστόλιθο, μέσα σε φυσική κοιλότητα του εδάφους. Είναι στραμμένο προς το νότο με θέα τα Λευκά Όρη. Αν και οι περιηγητές του 19ου αιώνα είχαν εντοπίσει τη θέση του θεάτρου, η ανασκαφή του πραγματοποιήθηκε πρόσφατα, μεταξύ 2008-2009 με εντυπωσιακά αποτελέσματα παρά την καταστροφή που είχε υποστεί από ασβεστοκάμινο της νεότερης περιόδου, κατασκευασμένης στο κέντρο του κοίλου. Σε όλη τη διάρκεια του 20ου αιώνα εδώλια και αρχιτεκτονικά μέλη, αποτελούσαν υλικό παραγωγής ασβέστη με αποτέλεσμα στο μεγαλύτερο μέρος του κοίλου να είναι ορατή μόνο η κλιμακωτή υπόβαση από αργολιθοδομή. Το κοίλο χωρίζεται από πέντε κλίμακες, σε τέσσερις κερκίδες με διάμετρο στα 54,68μ.η οποία αντιστοιχεί σε 26 σειρές εδωλίων τουλάχιστον, καθώς αυτό με βεβαιότητα εκτεινόταν και βορειότερα. Η ακτίνα της ορχήστρας είναι 5,45μ. και αποτελεί μια από τις μικρότερες ορχήστρες που συναντώνται σε αρχαία θέατρα.

Στα ανασκαφικά και αρχιτεκτονικά δεδομένα του αρχαίου θεάτρου της Απτέρας αναγνωρίζονται τρεις κύριες οικοδομικές φάσεις.

Το θέατρο άρχισε να οικοδομείται στους πρώιμους ελληνιστικούς χρόνους (α΄ μισό 3ου αι. π. Χ.). Από τη φάση αυτή διακρίνονται o ισχυρός τοίχος στα νότια της σκηνής, το μεγαλύτερο τμήμα των τοίχων των παρόδων, ο στηρικτικός/περιμετρικός αναλημματικός τοίχος του κοίλου και η υπόβαση για την τοποθέτηση των εδωλίων.

Κατά τους ρωμαϊκούς χρόνους το ελληνιστικό θέατρο υπέστη ριζική μετασκευή σε δύο φάσεις, προκειμένου να προσαρμοστεί στις νέες ανάγκες θέασης. Στην πρώτη μετασκευή του (β΄ μισό του 1ου αι. μ.Χ.) που καλείται α΄ ρωμαϊκή, το κοίλο απέκτησε την τελική του μορφή, η σκηνή αντικαταστάθηκε και το δάπεδο της ορχήστρας χαμήλωσε.

Η τρίτη κατασκευαστική φάση (β΄ ρωμαϊκή) είναι δύσκολο να προσδιοριστεί χρονολογικά. Σε αυτή παρατηρούνται μετασκευές στο κτήριο της σκηνής, εξαιτίας λειτουργικών αλλαγών και ανάγκης μικροεπισκευών κατά τη διάρκεια της χρήσης του θεάτρου. Η διαμόρφωση του κοίλου στο χαμηλότερο επίπεδο υπέστη τουλάχιστον μία μετασκευή, με τελευταία αυτή που διασώζεται σήμερα.

Η ένταξη της ανάδειξης του θεάτρου στο Γ΄ ΚΠΣ-ΠΕΠ Κρήτης το 2008 - 2009 και στη συνέχεια στο ΕΣΠΑ 2007 - 2013, οδήγησε στην ολοκλήρωση της αποκάλυψης του θεατρικού οικοδομήματος, τη συντήρηση και τελικά στην αναστήλωσή του.

Επιπλέον, γύρω από το μνημείο πραγματοποιήθηκε ήπια διαμόρφωση του χώρου, με διατήρηση του αναγλύφου του εδάφους και της βλάστησης της περιοχής και οργανώθηκαν διαδρομές περιήγησης, στις οποίες αξιοποιήθηκε η αρχαία λιθόστρωτη οδός που στα ανατολικά του θεάτρου.

Η οδός αυτή, εντυπωσιακή για τη διατήρηση και για το μήκος της (συνολικά 55 μ.), χρονολογείται στην ελληνιστική περίοδο και εξυπηρετούσε την πρόσβαση στο θέατρο, είτε μέσω της παρόδου αυτής της πλευράς, είτε μέσω της πλατιάς κλίμακας, τμήμα της οποίας διατηρείται ακόμα. Τα ανασκαφικά στοιχεία δείχνουν ότι η λιθόστρωτη οδός εξυπηρετούσε και άλλα δημόσια κτήρια της πόλης που βρίσκονταν κοντά στο θέατρο, μεταξύ των οποίων και ιερά. Το βόρειο όριο της λιθόστρωτης οδού συμπίπτει με την ανατολική πλευρά του ευθύγραμμου θεάτρου.