Η αρχαία Άπτερα βρίσκεται στη δυτική Κρήτη, κοντά στα σημερινά Χανιά και ιδρύθηκε στο πλάτωμα χαμηλού λόφου στα νοτιοανατολικά του κόλπου της Σούδας. Τόπος μοναδικός για τη φυσική του ομορφιά, δεσπόζει σε γεωγραφική θέση εξαιρετικής στρατηγικής σημασίας που συνέβαλε καθοριστικά στην ανάπτυξη της αρχαίας πόλης.

Σύμφωνα με τον Στράβωνα και τον Πλίνιο η Άπτερα διέθετε δύο λιμάνια, την Μινώα (σημερινό Μαράθι) και την Κίσαμο (μεταξύ Καλαμιού και Καλυβών) ελέγχοντας με αυτόν τον τρόπο τη διακίνηση του εμπορίου.

Ως πόλη – κράτος εξουσίαζε μεγάλη έκταση γης. Τα πιθανολογούμενα όρια της επικράτειάς της ήταν στα δυτικά τα όρια της Κυδωνίας (σημερινά Χανιά), στα νότια της Λάππας (σημερινή Αργυρούπολη) και στα ανατολικά το Δρέπανον Άκρον (σημερινό ακρωτήριο Δράπανο). Οδικό δίκτυο συνέδεε την Άπτερα με τις γειτονικές πόλεις – κράτη, τις κώμες και τους αγροτικούς οικισμούς. Τις πεδινές εκτάσεις στα νότια και ανατολικά διέσχιζε ο ποταμός Πυκτός ή Πυκνός (σημερινός Κοιλιάρης).

Η Άπτερα σε περιόδους ακμής υπήρξε ιδιαίτερα ισχυρή ενώ έχει χαρακτηριστεί και ως η πιο εμπορική πόλη της Κρήτης. Καταστράφηκε από ισχυρούς σεισμούς που έπληξαν την ανατολική Μεσόγειο κατά την όψιμη αρχαιότητα.